制約理論（TOC）は、エリヤフ・ゴールドラットが小説『ザ・ゴール』で示した、アウトプットはシステムの制約によって決まるという理論である。ボトルネック以外の改善は全体の産出（スループット）に寄与しない。これは生産フローに留まらず、根本原因となる対立構造から問題を解決する思考プロセスにも応用できる考え方である。

コパイロツトはこの理論を2018年頃、主にKMOを中心に参照しはじめた。ボトルネックに対する解決策としてナレッジを捉え直す動きに始まり、同年9月のプロジェクト・ステートメント・デザインには『The Haystack Syndrome』の副題に由来する「データ・スィフティング」なる概念が取り入れられているほか、プロジェクトの成果までのスループットを論理的に導き出すまでのプロセスとして組まれていた。翌年のイシューフレームはその道筋を抽象度で層に分け、ファイブ・ダイヤモンドはどこまで立ち戻るかを判断できるようにしたものにあたる。

2020年には思考プロセスを習得するため、ゴール・システム・コンサルティングのジョナコースをメンバー複数名が受講してジョナとして認定された。問題を正しい行為の対立構造と捉えること、進行をクリティカルパスではなくクリティカルチェーンで見ること、因果関係をどう整理するかなど、制約理論は考え方として様々にコパイロツトの方法論に影響を与えている。